Séjourner dans une machiya (maison de ville traditionnelle en bois) ou un ryokan est l'expérience définitive de Kyoto. Le quartier de Higashiyama près du Kiyomizudera offre d'excellentes pensions et des ryokans de charme à distance de marche des principaux temples. Gion convient à ceux qui recherchent l'ambiance du quartier des geishas. Le centre-ville (Kawaramachi/Shijo) bénéficie des meilleures connexions de transport.
Arashiyama propose de charmantes auberges adjacentes à la forêt de bambous si vous souhaitez explorer les collines occidentales à l'aube. Les auberges économiques se regroupent autour de la gare de Kyoto. Les séjours en ryokan incluent généralement un élaboré dîner kaiseki et un petit-déjeuner traditionnel — prévoyez 150-300 dollars par personne pour l'expérience complète.