Kyoto partage le climat quatre saisons de Tokyo mais avec des températures légèrement plus extrêmes — des étés plus chauds et des hivers plus froids en raison de sa localisation dans un bassin intérieur. L'été (juin–août) est très chaud et humide (35°C+) avec des averses l'après-midi. La saison des pluies en juin assombrit les visites touristiques mais les jardins de mousse des temples sont spectaculaires.
Les deux saisons de pointe sont les fleurs de cerisier (fin mars–début avril) et le feuillage automnal (mi-novembre). Les températures printanières sont idéales entre 12–20°C. L'hiver (décembre–février) est froid (2–8°C) et parfois enneigé — les pavillons dorés sous la neige sont magiques mais réservez à l'avance. Évitez la période de la Semaine d'Or (fin avril–début mai) pour les foules.