Tokyo jouit de quatre saisons distinctes. Le printemps (fin mars–avril) apporte les fleurs de cerisier aux parcs d'Ueno, Shinjuku Gyoen et le long de la rivière Meguro — réservez votre logement 3 mois à l'avance. L'été (juin–août) est chaud (28–33°C) et humide, avec une saison des pluies en juin et un risque de typhon en août-septembre.
L'automne (octobre–novembre) offre un feuillage spectaculaire dans les jardins des temples et parcs — une deuxième haute saison. L'hiver (décembre–février) est froid (5–10°C) mais dégagé et ensoleillé, avec d'excellentes illuminations saisonnières. La neige est rare au centre de Tokyo, mais Nikko et Hakone à proximité reçoivent de la neige à partir de décembre.