Kyoto, Tokyo ile benzer dört mevsim iklimini paylaşır ancak biraz daha aşırı sıcaklıklarla — iç havza konumu nedeniyle daha sıcak yazlar ve daha soğuk kışlar. Yaz (Haziran–Ağustos) çok sıcak ve nemli (35°C+) olup öğleden sonra sağanak yağışlar yaşanır. Haziran ayındaki yağışlı mevsim turizmi biraz perdelese de, tapınak yosun bahçeleri görülmeye değer.
İki yüksek sezon, kiraz çiçeği (Mart sonu–Nisan başı) ve sonbahar yaprakları (Kasım ortası) dönemidir. İlkbahar sıcaklıkları 12–20°C aralığında idealdir. Kış (Aralık–Şubat) soğuk (2–8°C) ve zaman zaman karlı olup — kar içinde altın köşkler büyüleyici ancak önceden rezervasyon yapınız. Kalabalıklar nedeniyle Altın Hafta tatili dönemini (Nisan sonu–Mayıs başı) kaçının.