Kioto comparte el clima de cuatro estaciones de Tokio pero con temperaturas ligeramente más extremas — veranos más calurosos e inviernos más fríos debido a su ubicación en una cuenca interior. El verano (junio–agosto) es muy cálido y húmedo (35°C+) con lluvias por la tarde. La temporada de lluvias en junio entorpece el turismo pero los jardines de musgos de los templos lucen espectaculares.
Las dos temporadas de mayor afluencia son la de flores de cerezo (finales de marzo–principios de abril) y el follaje otoñal (mediados de noviembre). Las temperaturas primaverales son ideales entre 12–20°C. El invierno (diciembre–febrero) es frío (2–8°C) y ocasionalmente nevado — los pabellones dorados cubiertos de nieve son mágicos pero reserva con anticipación. Evita la semana de Oro (finales de abril–principios de mayo) por las multitudes.