Tokyo'nun dört ayrı mevsimi vardır. İlkbahar (Mart sonu–Nisan), Ueno Parkı, Shinjuku Gyoen ve Meguro Nehri boyunca kiraz çiçeklerini getirir — 3 ay öncesinden konaklama rezervasyonu yapın. Yaz (Haziran–Ağustos) sıcak (28–33°C) ve nemlidir, Haziran'da yağış mevsimi ve Ağustos-Eylül'de tayfun riski vardır.
Sonbahar (Ekim–Kasım), tapınak bahçelerinde ve parklarda muhteşem sonbahar renkleri getirir — ikinci yoğun mevsimdir. Kış (Aralık–Şubat) soğuk (5–10°C) ancak açık ve güneşlidir, mükemmel mevsimsel aydınlatma sunuyor. Merkezi Tokyo'da kar nadir olmakla birlikte, yakın çevredeki Nikko ve Hakone Aralık'tan itibaren kar alırlar.